Bir Lise Öğrencisi, Ölen Evcil Hayvanının Genomunu Sıralayarak Tarih Yazdı
California’da 17 yaşındaki bir lise öğrencisi, ölen evcil hayvanını kullanarak bir genomun nasıl sıralanacağını öğrenmeye karar vererek tatlı su melek balıklarının (Pterophyllum scalare) genomunu sıralayan ilk kişi oldu.
Balığın genom dizisi özellikle şaşırtıcı sonuçlar ortaya koymasa da, söz konusu öğrenci yerel bir topluluk laboratuvarı aracılığıyla bir sıralayıcıya erişebildiğinden, teknolojiyi dünyanın her yerindeki gelişen bilim insanları için erişilebilir hale getirmenin potansiyel faydalarını vurguluyor.
Ölen bir evcil hayvanın genomunu sıralayarak onurlandırmak
Öğrenci, Indeever Madirddy, bu yıl Mart ayında öldükten sonra evcil balığı Calvin’i onurlandırmak için genomunu sıralayarak yola çıktı. Bulgularını halka açık bir veri tabanında bulunan bir makalede yayınladı.
Madireddy, NewScientist’e verdiği bir röportajda, “Balığım ölmüş olsa da onu sonsuza kadar korumak istedim” dedi. “Bu yüzden, bu bilgi ile bilimsel topluluğa katkıda bulunabileceğimi ve aynı zamanda evcil hayvanıma küçük bir haraç ödeyebileceğimi umarak melek balığının genomunu sıralamaya karar verdim!”
Genç öğrenci sıralama sürecini, California, Santa Clara’da küçük bir üyelik ücreti ödeyen üyelere son teknoloji ürünü ekipman sağlayan bir topluluk laboratuvarı olan BioCurious’ta gerçekleştirdi. Balığının DNA’sını korumak için, dizileme işlemini nasıl gerçekleştireceğini öğrenirken onu -80°C’de laboratuvarda sakladı.
Prosedürü öğrendikten sonra Madirddy, ölen evcil hayvanının genomunu sıralamak için Oxford Nanopore tarafından yapılmış küçük bir sıralayıcı kullandı. Tüm sürecin tamamlanması yaklaşık iki hafta sürdü. Sıralayıcılar, cihazdaki küçük gözeneklerden geçerken DNA moleküllerinin sırasını yavaş yavaş bir araya getirir.
Madireddy’ye göre, sıralama sürecini tamamladıktan sonra verileri analiz etmek iki ay daha sürdü. Tüm süreç 2.000 dolara mal oldu ve bunun neredeyse yarısı Madireddy’nin kitle fonlaması yoluyla yapıldı.
Madireddy daha önce CRISPR gen düzenlemesini kullanarak çalışmalar yürütmüştü ve aslında Calving’i ve bir dizi başka melek balığını yumurta aşamasından yetiştirdi. Melek balığı, Amazon havzasına özgüdür ve dünya çapında popüler bir evcil hayvan balığıdır.
Madireddy’nin melek balığı genom dizisi, öğrencinin dizilimi, ileri teknolojiyi halk için erişilebilir kılmanın nasıl etkileyici sonuçlara yol açabileceğini gösteriyor.
Oxford Nanopore CEO’su Gordon Sanghera’nın belirttiği gibi, “Bu, meraklı bir ruhun ve maliyet ve karmaşıklık gibi teknolojik engelleri kaldırdığınızda genç bilim insanlarının neler yapabileceğinin harika bir örneğidir.”
Kaynak: https://interestingengineering.com
Derleyen: Figen Berber