İlk Defa Soyu Tükenmiş Bir Hayvandan RNA Elde Edildi
DNA molekülleri milyonlarca yıl sonra bile geri getirilebilmesine rağmen, şimdiye kadar RNA’nın canlı hücrenin dışında dakikalar içinde bozunduğu düşünülüyordu. Stockholm Üniversitesi’ndeki genetikçiler durumun böyle olmadığını kanıtladı.
Yüz yıldan daha eski olan soyu tükenmiş bir Tazmanya kurdunun kalıntılarından milyonlarca RNA dizisini izole ettiler. Bu genetik materyal, hayvanın genleri ve hücrelerinde ve dokularında yaratılan proteinler hakkında bilgi içeriyor.
Araştırmacılar ilk kez, 20. yüzyılda nesli tamamen tükenmiş bir hayvan türünün, Tazmanya kurdunun RNA’sını dizinledi.
Bilim insanları, 132 yıllık bir müze örneğinden alınan kas ve deri örneklerini kullanarak milyonlarca RNA dizisini izole etti. Bu genetik materyal, hayvanın genleri ile hücre ve dokularında yaratılan proteinler hakkında bilgi içeriyor.
Çalışmanın sonuçları, dünyanın dört bir yanındaki müze koleksiyonlarında saklanan RNA örneklerinin, nesli tükenmiş türler hakkında yeni bilgi kaynağı olacağı umudunu veriyor.
Genetikçi Oliver Smith, özellikle RNA’yı inceleme yeteneğinin “yepyeni bir potansiyel bilgi kaynağı açtığını” söylüyor: “Genomun kendisini incelemek yerine, ne işe yaradığına bakabiliriz.” diyor.
Yok olmuş bir tür
Tazmanya kurdu (ya da thylacine) Avustralya’nın güneydoğu kıyılarındaki Tazmanya adasında yaşamış etobur bir keseli hayvandır. Bilinen son Tazmanya kurdu 1936 yılında esaret altında ölmüştür, ancak birkaç doldurulmuş hayvan ve hayvanın kalıntılarının örnekleri müzelerde bulunmaktadır.
Araştırmacılar, 1891’den beri Stockholm Doğa Tarihi Müzesi’nde saklanan bir thylacine kalıntısı üzerinde çalıştılar. Her biri yaklaşık 80 miligram ağırlığında üç kas örneği ve üç deri örneği aldılar.
Tarihi örneklerden RNA elde etmek zordur; çünkü son derece kararlı olan ve bir milyon yıldan daha uzun bir süre önce yaşamış çeşitli türlerin kalıntılarından defalarca çıkarılan DNA’nın aksine RNA hızla bozulur.
Genetikçi Mark Friedlander, “Canlı hücrelerin dışında RNA’nın dakikalar içinde parçalandığı düşünülüyor” dedi.
Ekip, canlı örnekler için kullanılan standart yöntemleri uyarlayarak, doku örneklerinden antik RNA’yı izole etmek için özel olarak tasarlanmış bir protokol geliştirdi.
Friedlander yine de “mumyalanmış bir Tazmanya kurdunda bu kadar özgün RNA dizileri bulmamız şaşırtıcıydı” diyor.
Araştırmacılar thylacine’in kas ve derisinden sırasıyla 81,9 milyon ve 223,6 milyon RNA parçasını izole edip saflaştırdı. Kopyalar ve çok kısa diziler çıkarıldıktan sonra kas dokusundan 1,5 milyon, deriden ise 2,8 milyon RNA dizisi izole edildi.
Biyolog Emilio Mármol-Sánchez’e göre RNA, gen ifadesinin farklı dokularda nasıl değiştiği hakkında bilgi sağlıyor.
Araştırmacılar kas örneklerinde, kasların gerilmesini ve kasılmasını sağlayan proteinler olan aktin ve titini kodlayanlar da dahil olmak üzere 236 gene karşılık gelen diziler buldular. Deri örneklerinde, yapısal protein keratini kodlayan bir gen de dahil olmak üzere 270 gene karşılık gelen diziler buldular.
Antik virüsler
Araştırmacılar ayrıca Tazmanya kurdunun içinde yaşamış ya da ona bulaşmış virüslere ait az sayıda RNA molekülü buldu. Antik DNA araştırmacısı Hannes Schroeder’e göre, bu moleküllerin izini sürme ve geri kazanma becerisi antik virüslerin incelenmesine kapı açıyor.
Oliver Smith, antik DNA çalışmalarının iyi bir şekilde yerleştiğini, ancak antik RNA’nın dizilenmesinin hala gelişmemiş olduğunu söylüyor. “Bu araştırma, hâlâ yeterince değer verilmeyen bir alana yeni bir hayat veriyor.” diyor.
Smith, gelecekte fosil kalıntılarıyla ilgili çalışmalarda sadece DNA değil, RNA dizilemesinin de rutin olarak kullanılacağını umuyor.
Derleyen: Feyza ÇETİNKOL
Kaynak: İlk Defa Soyu Tükenmiş Bir Hayvandan RNA Elde Edildi
Dünyanın En Derin Çukuru Mariana’da Gizlenen Yeni Bir Virüs Keşfedildi