Peptit yükleme kompleksi, bizi hastalığa neden olan patojenlere karşı korumak için atomik hassasiyetle çalışması gereken biyolojik bir nanomakinedir.
Önceki çalışmalarda, diğer ekipler, kriyo-elektron mikroskobu kullanarak peptit yükleme kompleksinin yapısını başarıyla belirlediler ancak yalnızca yaklaşık 0.6 ila 1.0 nanometre çözünürlükle, yani atomik ayrıntıda değil. Bu deneysel verilere dayanarak, Schäfer’in araştırma ekibi, Forschungszentrum Jülich’ten Profesör Gunnar Schröder ile işbirliği içinde, peptit yükleme kompleksinin atomik yapısını oluşturmayı başardı.
Deneysel yapı etkileyici. Ancak yalnızca bilgisayar tabanlı yöntemlerimizle deneysel verilerde bulunan maksimum bilgi içeriğini çıkarabildik. ”diye açıklıyor Schröder. Atomik model, araştırmacıların peptit yükleme kompleksinin ayrıntılı moleküler dinamik bilgisayar simülasyonlarını gerçekleştirmesini ve böylece biyolojik nanomakinenin sadece yapısını değil dinamiklerini de incelemesini sağladı.
Yüksek performanslı bilgisayarı kullanarak, simülasyonlarımızda mikrosaniye zaman ölçeğine geçmeyi başardık. Bu, daha önce sadece tam olarak anlaşılmamış olan peptit yükleme mekanizması için proteine bağlanan şeker gruplarının rolünü ortaya çıkardı. ”diyor, Moleküler Simülasyon araştırma grubunda doktora sonrası araştırmacı Dr. Olivier Fisette.
Bağışıklık süreçlerine doğrudan müdahale
Peptit yükleme kompleksinin atomik modeli artık daha ileri çalışmaları kolaylaştırmaktadır. Örneğin; bazı virüsler, peptit yükleme kompleksinin belirli öğelerini seçici olarak kapatarak bağışıklık sistemimizi aldatmaya çalışır. Schäfer, “İzlemek istediğimiz bir uygulanabilir hedef, bu süreçlerde hedeflenen müdahaledir.” diye bitiriyor.
Kaynak: https://www.bizsiziz.com/giant-nanomachine-aids-the-immune-system
Çeviri: Simge Kara