52.000 Yıl Boyunca Kurutularak Dondurularak Mamut Derisinden İlk Kez 3 Boyutlu Kromozomlar Elde Edildi
Sibirya’da bulunan yünlü bir mamutun dondurularak kurutulmuş deri örnekleri, bilim insanlarının 52.000 yıllık kromozomların 3D rekonstrüksiyonunu oluşturmalarını sağladı. Bu başarı, antik DNA için dünyada bir ilk ve mamut hayattayken deri hücrelerinde hangi genlerin aktif olduğunu ortaya koyuyor.
Yünlü mamut öldükten kısa bir süre sonra hava koşulları sayesinde kendiliğinden donarak kurudu ve nükleer mimarisini susuz bir halde koruyarak binlerce yıl hayatta kalmasını mümkün kıldı. 2018’e geldiğimizde mamutun kalıntıları kuzeydoğu Sibirya’da insanlar tarafından keşfedildi.
Eşsiz derecede iyi korunmuş kalıntılarla donanmış bir bilim insanı ekibi, mamutun kulağının arkasından alınan bir deri örneğinden DNA elde etti. Bu DNA daha sonra Hi-C olarak bilinen ve hayvan hayattayken muhtemelen birbirleriyle etkileşim halinde olan DNA bölümlerini belirleyebilen bir yöntem kullanılarak analiz edildi.
ICREA araştırma profesörü ve Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG) ve Genomik Düzenleme Merkezi’nde (CRG) yapısal genomikçi olan sorumlu yazar Marc A Marti-Renom yaptığı açıklamada, “Elinizde üç milyar parçalı bir yapboz olduğunu düşünün, ancak üzerinde çalışabileceğiniz nihai yapbozun resmine sahip değilsiniz” dedi. “Hi-C, yapbozun parçalarını bir araya getirmeye başlamadan önce bu resmin yaklaşık bir görüntüsüne sahip olmanızı sağlar.”
Günümüz fillerinin genomlarının yardımıyla, Hi-C’yi kullanarak mamut genomunun ilk kez 3 boyutlu bir rekreasyonunu bir araya getirmeyi başardılar. Asya ve Afrika filleriyle aynı olan 28 kromozoma sahip olduklarını ve transkripsiyon faktörleri ile genleri birbirine bağlayan nano ölçekli döngüler kadar küçük ayrıntıları koruduklarını ortaya çıkardı.
Marti-Renom, “İlk kez, kabaca hangi genlerin açık, hangilerinin kapalı olduğunu bildiğimiz bir yünlü mamut dokusuna sahibiz” dedi. “Bu olağanüstü yeni bir veri türü ve herhangi bir antik DNA örneğindeki genlerin hücreye özgü gen aktivitesinin ilk ölçümü.”
Mamutun etli genetik materyali, önceki antik DNA keşiflerini gölgede bırakan yeni bir fosil türü olarak tanımlanıyor ve antik bir kalıntı için ilk kez bir karyotip belirlendiğine işaret ediyor.
Tüm bu genetik verilerle neler yapabileceğimize gelince, bunun Colossal Biosciences’ta mamutların soyunu tüketmeye çalışan bilim insanları için, aktif genlerini modern bir filin genomuna entegre ederek doğru yönde atılmış bir adım olması mümkün.
Çalışmada yer almayan Colossal Biyolojik Bilimler Başkanı ve Mamut Lideri Eriona Hysolli IFLScience’a verdiği demeçte, “Antik örneklerde 3D mimarinin korunabildiğini görmek heyecan verici” dedi. “Bu, mamut neslinin tükenmesiyle ilgili olabilecek genom özelliklerini ortaya çıkarabilecek tam bir de novo birleştirilmiş mamut genomuna doğru ilerlemeye yardımcı olacaktır.”
Kaynak: https://www.iflscience.com
Derleyen: Figen Berber